玩家可以在船難DLC中製造出各式各樣的船以探索海洋生態環境並在島嶼之間移動。廢棄的船可以在海洋中被找到(有時候甚至會附帶其他物品)。船會在航行的過程中漸漸消耗耐久度,耐久度的損耗可以透過裝備船長帽來減緩。除非船的航行方向和小海浪一致,不然船撞擊到海浪的時候也會消耗耐久度;撞擊到大海浪則是一定會損耗耐久度,無論航行方向。當玩家站在船上時,任何針對玩家的攻擊都會轉換成減少船的耐久度而不是玩家的生命值。當船的耐久度歸零時,除非裝備了救生衣,否則玩家會落入水中淹死。
檢查船的動作能夠讓玩家在不跳上船的情況下看見船剩下的耐久度以及裝備的附件,也能使用貨船的物品欄。除了衝浪板以外,所有的船都可以使用錘子敲碎來獲得一半的製作材料,無論耐久度的多少。但裝備在船上的附件一定要提前拿下來,否則它們會直接消失。
船可以使用修船工具或航行到海上修船器附近來修補。連續修補同一艘船會比等到船快壞掉時用錘子敲碎獲得一半材料後再建造新的的花費更多。但是只剩下一點耐久度的船可能會因為意料之外的攻擊和大海浪的沖擊而壞掉。
使用不同的船探索地圖會有不一樣的獎勵。裝備海盜帽可以提升這個能力 25%。