洪水（Flooding）是船難DLC中的一種新的遊戲機制。任何地面在雨季都可能被水坑淹沒，而沙灘生態群落則會在夜間被潮汐侵蝕
水坑[]
水坑（Puddles）在雨季出現，最初的面積非常小，但若放任不管的話就會隨著時間的流逝慢慢擴大，直至覆蓋整個島嶼並增加玩家的潮濕度。人工製造的地皮可以防止水坑從那裡出現，但還是有可能被其它擴散的水坑淹沒。被水淹沒的地區會讓玩家的行動速度變慢。如果一定要跨越水坑的話，建議穿戴具有防水性的衣物（如蛇皮帽和蛇皮衣）。水坑會在旱季到來後的前三天內乾涸並消失。
水坑會在每個雨季隨機生成，結構為十字形。水坑里的積水會以這個十字的中心點隨著降雨不斷向外擴張成長方形或菱形，這個時候可以通過對角線來尋找它的中心點。無論大小，玩家都可以使用沙袋來阻止水坑繼續蔓延。
潮汐[]
在其他季節中，潮汐（Tides）會導致海水將靠近岸邊的沙灘淹沒，夜晚漲潮，黎明退潮。潮汐在滿月時上漲地最多，新月時則不會出現。與水坑不同，潮汐會讓貝殼重新刷新。
沙袋[]
無論是水坑還是潮汐都可以通過放置沙袋（Sandbags）來抵禦，但如果一個水坑沒有被沙袋完全包圍，它還是有可能朝著那個沒有障礙物的方向繼續擴散。也就是說，只要時間夠長或者沙袋夠少，水坑就可以從缺口滲透出去並將所有沙袋包圍。不過，只要沙袋的包圍圈保持完好，玩家就能夠阻止水坑的擴散，或者保護一塊區域不被水坑侵襲。
除了構築壁壘以外，沙袋的另外一個作用是吸收那塊地面上的水分。玩家可以在水坑開始擴散前使用沙袋堵住它的中心點，這樣一來這個水坑將不會繼續向外擴散。如果想要避免毒蚊子從剩下的四塊積水中生成，則需要使用其他沙袋填滿整個區域。吸收完積水後玩家可以直接用錘子砸掉沙袋而不用擔心水坑復發。
牆壁不能阻止洪水和水坑蔓延。
在被水淹沒時無法運作的建築[]
- 研究站（如科學儀器、煉金引擎、魔法海盜帽和暗影操縱者）
- 烹飪鍋（以及沃利暫時不能撿起的便攜烹飪鍋）
- 若在烹饪锅启动前放入食材开始烹饪，但烹饪期间洪水淹没了此烹饪锅，则产物必为湿腻焦糊
- 雪球發射機
- 製冰機 3000
- 冰箱（洪水來臨時還是能用來儲存東西）
- 地面上的火堆（如營火、冰火和黑曜石火坑）。然而防風火爐這種高架式的，洪水來臨時依然能照常運作。
- 營火和冰火不能夠被放置在被水淹沒的地方，現有的火堆則會在洪水擴散過去時熄滅。
- 火焰間歇泉
- 賭博機
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